O foco principal desta fase da Operação Gênesis é a cidade de Catende, na Zona da Mata Sul, a 115 quilômetros do Recife, onde houve busca e apreensão de documentos, notas fiscais, procedimentos licitatórios e computadores no prédio sede da Prefeitura e na Secretaria de Saúde, ambas localizadas na Praça Costa de Azevedo. Foi preciso o uso de aríete, alicate, pé de cabra e marreta para abrir portas e armários trancados com cadeados. Também em Catende a sede da empresa Rodocar foi alvo de busca e apreensão. Em Garanhuns e Iati, o alvo foram as sedes da empresa Rodocar.
De acordo com o coordenador do Gaeco, procurador de Justiça Ricardo Lapenda, o grupo que atua burlando processos licitatórios nas cidades alvo da Operação Gênesis desviou R$ 18 milhões dos cofres da Prefeitura de Quipapá, também na Mata Sul, onde o Ministério Público de Pernambuco desarticulou um esquema criminoso em (14) de dezembro, na primeira fase da operação.